Nell'anno X679 Vermillion Mavis è una bambina che sogna di imparare la magia e di conoscere le fate. Lei vive nella Gilda di Red Lizard dove è costretta a fare le pulizie per sdebitarsi con il master che le ha dato un posto dove dormire.

Un giorno su Tenroujima approda la malvagia gilda di Blue Skull, la quale massacra tutti gli abitanti dell'isola per rubare la Gemma del Lupo Celeste e l'unica soppravvisuta alla strage è Mavis.

Dopo 7 anni sull'isola di Tenrou arrivano 3 cacciatori di tesori per rubare la gemma, ma Mavis li avverte che è già stata rubata così partono per Magnolia, dove si trova Blue skull, per riprenderla e per la ragazza questa è un'occasione per vedere il mondo.

Il manga è il prequel di Fairy Tail e narra come è stata fondata la gilda più potente del regno di Fiore.